El dolmen de la Vega de Harnina, los asentamientos de los Villares y otros restos antiguos, atestiguan la presencia de moradores en este lugar desde los tiempos más remotos.

Su fundación se encuadra en las acciones para el poblamiento del territorio emeritense desarrollado por la Orden de Santiago tras la reconquista, debiendo situarse, quizá, en el siglo XIII, si bien el momento concreto no está establecido con exactitud. La primera referencia documental conocida en relación con su existencia data de 1327, correspondiendo a un privilegio otorgado a Mérida sobre la posesión de ciertos derechos sobre los enclaves de la zona. En su origen se asentó sobre un terreno cubierto de almendros, derivando de tales circunstancias su apelativo primero de Almendral de Mérida. Mas, debido a su reducida entidad, pronto se consolidó para nombrarlo el diminutivo Almendralejo. Jurisdiccionalmente quedó integrado en la Orden de Santiago como aldea de Mérida, constando ya su condición de Encomienda a mediados del siglo XIV.