Tras la reconquista de la Comarca de Mérida por las armas leonesas, es cedida a la Orden de Santiago, pero existía una gran preocupación por repoblar estos territorios conquistados. Muchas familias se beneficiaron de las concesiones que se otorgaron debido a la falta de personas para cultivar y labrar las tierras. Estas comunidades que estaban dispersas, se reagruparon y se afincaron en los aledaños de la Ermita de San Bernabé y San Benito -a orillas del Guadiana-, y en los cerros de El Cuarto y de La Cuesta; esto era en tiempos de Don Álvaro de Luna.

La localidad de Don Álvaro adquirió su separación de la Villa de Mérida en el año 1593 y es entonces cuando comienza su historia como villa de Don Álvaro de Luna, de ahí su nombre.