El origen del nombre del pueblo no está demasiado claro; hay varias leyendas al respecto: una de ellas, relata la existencia de una posada de bandoleros situada en la que hoy en día es la calle del Berro, y que era frecuentemente visitada por alguien llamado Marcos Cinado, de ahí derivaría fonéticamente el apelativo de Malcocinado. Por otro lado, y según otra de las leyendas, ese mismo nombre: Marcos Cinado, se atribuye también a un cacique supuestamente fundador del pueblo, al que debería su nombre. Ambas versiones pueden tener algo de cierto, ya que antes de 1936, en los carteles señalizadores del pueblo, se leía: Marcocinado -aunque también es lógico que fuera una simple errata de escritura-.

Vista de Malcocinado

Incluso hay otra posible explicación del topónimo: La Cañada Real pasaba antiguamente por los terrenos que hoy son el Puerto de la Higuera y la carretera de Alanís; por otro lado, el origen del pueblo es sin duda un asentamiento de pastores dependiente de Guadalcanal; si además, tenemos en cuenta la definición del diccionario del término malcocinado como: Lugar de la dehesa en el que se depositan los restos de las reses muertas puede que ahí esté la justificación al nombre del pueblo.

La aparición de Malcocinado se fecha en el siglo XVI, según se recoge en libros de Acuerdos y documentos varios que se hallan en el Archivo Histórico de Azuaga.

En los archivos del pueblo -que se remontan al siglo XVI- consta el origen del pueblo como un asentamiento de pastores dependiente de Guadalcanal, mencionando en ellos las bodegas de vino, almazaras de aceite y cobro de impuestos, aunque hasta mediados del siglo XVIII no adquiriría la consideración de aldea.

En 1833 por orden de Isabel II, Javier Burgos realizó la actual división provincial de España, e incluyó Malcocinado dentro de la provincia de Badajoz -y no de Sevilla a la que había pertenecido históricamente-. Las autoridades locales volvieron a realizar la petición de segregación del término de Guadalcanal puesto que ya con anterioridad se había intentado la misma, y así, según instancia de 12 de Abril de 1842, Malcocinado se convirtió en municipio independiente dentro de Extremadura.