Se localiza en plena Vega del Guadiana, también sobre la orilla derecha, entre los arroyos Búrdalo y Cagánchez, ocupando un terreno de tierras feraces que son el origen de su existencia. Exceptuando los modernos poblados de colonización, se trata de la última población fundada en la región.

Su creación fue autorizada en 1827 por Fernando VII a petición de un grupo de labradores de Don Benito, Medellín y Montánchez, que encabezados por el dombenitense Antonio López, reclamaron al rey tierras para su cultivo. El nombre del nuevo asentamiento se aplicó en honor de la tercera esposa del monarca, María Amalia de Sajonia, muerta en 1819.

El nuevo pueblo se edificó de nueva planta en el lugar delimitado por el Corregidor de Villanueva de la Serena sobre los baldíos de Realengo del Carrascal, Lomo de la Liebre y Montes Cuadrados. Su construcción fue realizada entre 1.831 y 1.842 por el maestro alarife Fabían González. Trazada según un riguroso plan hipodámico exactamente regular, la estructura inicial se componía de 257 casas, todas iguales, de dos plantas, según el modelo campesino tradicional, alineadas en ocho calles que parten de una espaciosa plaza central. A las viviendas se unían una Casa para el Ayuntamiento, cárcel, escuela, un gran pozo en la plaza y otros en la periferia y también situados en las afueras, el cementerio y dos charcas para abrevar los ganados. A cada uno de los primeros cien vecinos le fueron entregadas 24 fanegas de tierra para sí y sus descendientes. u a los siguientes 12.

A partir de su millar inicial de moradores, y tras unos inicios difíciles debido a los enfrentamientos con los labradores de Don Benito y Medellín, que pretendían continuar explotando las tierras entregadas a Santa Amalia, el nuevo núcleo consolidó una notable prosperidad, desarrollándose de manera extraordinaria. De tal modo, su tejido construido se ha multiplicado casi por cinco respecto a su entidad primitiva, contando con el presente con más de 4.500 habitantes.

El carácter de centro agrícola cimentado en sus excelentes tierras, se encuentra reforzado en el sector servicios por su estratégica situación en un punto clave de las comunicaciones en las rutas más importantes de la región. Por tal razón, Santa Amalia es también un nudo crucial de carreteras en el que proliferan los establecimientos hosteleros y servicios de toda especie.