Se sitúa en el límite de la Baja Extremadura con Portugal y Andalucía, a mediodía de Jerez de los Caballeros, constituyendo junto con esa ciudad el otro gran centro de las Sierras del Sur.

Por su ubicación geográfica, constituye Fregenal un importante paso desde Extremadura a Andalucía. Es un nudo importante de comunicaciones atravesada por las nacionales 435 (r) que une Zafra / Huelva, y la nacional 435 que enlaza Badajoz y Huelva. Además, cuenta con ferrocarril que une Mérida con Huelva.